矯正治療中のフロス使用はしていいのか？

もちろん使用して大丈夫です。
矯正中は、食べかすや歯垢が溜まりやすいので、特に清掃に気を使った方が良いと思います。
ワイヤーが通っていて、フロスが使用しづらい場合は、歯間ブラシがおすすめです。